できません。

個人版民事再生の手続きにおいては、すべての借金を申告する必要がありますので、連帯保証人がいる契約のみを除外して手続きをすることはできません。

主債務者の方が個人版民事再生の手続きを行うことによって、連帯保証人の方に請求が及ぶことになりますので、事前にその旨をご説明しておかれたほうがよいでしょう。

連帯保証人の方の経済状況によっては、連帯保証人の方も何らかの債務整理を行ったほうがよいケースもありますので、主債務者、連帯保証人がご一緒にご相談に来られてもよいかと思います。