裁判所の指示に従って、決められた金額を差し引きして、従業員に至急するようにしてください。
従業員の生活のことを考え、会社側が給料の差押を躊躇するということはよくあるケースですが、給与差押命令は債権者が取下げをしない限り、従わなくてはならないのです。
従業員の方が給与差押を受けることによって、生活に行き詰るようでしたら何らかの債務整理手続きをとられるようアドバイスをされるとよいかと思います。