共済からの借り入れを任意整理の対象としなければ、会社に秘密で手続きを進めることも可能かと思います。
任意整理の場合は、ご自身で手続きの対象とする業者を選択することができますので、公務員の方で、職場に任意整理をすることを避けたいという方でしたら、共済組合からの借入れを任意整理の対象から除くことによって、職場に手続きを行う事実を秘密にすることができます。
なお、任意整理をしていわゆるブラックリストに載ることによって、共済組合(=職場)に任意整理をしたことが判明するのでは?と不安に感じられる方もいるかと思いますが、共済組合は民間の個人信用情報機関に加入していないため、組合員の事故情報(いわゆるブラックリスト)については把握をしていないといわれています。