個人版民事再生をしたからといって、会社を退職する必要はありません。
ただ、会社から借り入れをしている場合に個人版民事再生を申し立てると、会社も債権者として申告する必要がありますので、会社に個人版民事再生の手続きを行うことが判明することとなります。
そのため、会社に秘密で借金を整理されたいという方は、任意整理を選択して、会社からの借り入れを除くという方法があります。