会社から借金をしていない限り、自己破産をした事実がわかってしまうことはありません。
自己破産手続きについては、すべての借金を裁判所に申告する必要があります。
そのため、会社から借入れをしている場合は、自己破産の手続き上債権者として扱われることとなりますので、会社に自己破産をしたことが判明してしまうことになります。
会社に秘密で借金を整理されたいということでしたら、任意整理を行うという選択肢があります。